環境檢測專用色譜將吸附管加熱，能吸收揮發性有機物，待測樣品隨惰性載氣進入氣相色譜儀毛細管，在一定條件下的毛細管分離后，FID檢測，工作站記錄譜圖和數據，用保留時間定性，峰高或峰面積定量。
進樣系統，俗稱汽化室或樣品口，是將樣品汽化送入色譜系統之前，且分析中保證系統不漏氣而設置的一種特殊裝置，進樣口是儀器的重要組成部分，也是引入污染、引起干擾的一道關。進樣口污染與否，直接表現是色譜特征，因此可以在不確定進樣口是否污染時用標樣進行驗證。
定期更換進樣隔墊：進樣口隔墊漏氣是氣相色譜儀常見故障。進樣次數過多后，進樣墊針口磨損擴大老化等，就容易漏氣，漏氣一方面損失載氣，造成資源的浪費；另一方面，隔墊的老化降解也會給分析帶來干擾，因此需要定期及時更換。一般隔墊可達到使用100次以上的壽命，不同廠家、不同材質壽命不一樣，如低流失隔墊可達400次以上，而紅色硅膠隔墊為100次左右。
環境檢測專用色譜應該注意的一些問題如下所示：
(1)要待FPD煙囪部分溫度升至高于100℃后（約1小時），才能點燃氫焰，否則檢測器積水將無法進行分析。
(2)在新裝的色譜柱進行老化時，應使FPD與環境檢測專用色譜脫開，否則溶劑進入FPD，有可能污染檢測器，導致靈敏度下降。
(3)不能在開通高壓電源開關的情況下打開檢測器蓋子，以免光電倍增管老化。
